2026년 종부세 합산배제 신청 기간 시작돼요, 9월 30일 전 꼭 확인할 것

2026년 종부세 합산배제·과세특례 신청 기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다.
기존 신청 내용에 소유권·면적·임대등록 말소 등 변동이 없다면 다시 신청하지 않아도 됩니다.
임대료 5% 초과 인상이나 일시적 2주택 요건 미충족은 세액 추징으로 이어질 수 있어요.

2026년 종부세 합산배제·과세특례 신청 기간

2026년 종합부동산세 합산배제와 과세특례 신청은 9월 16일부터 9월 30일까지 진행됩니다. 작성 기준일인 2026년 9월 14일 현재는 신청 시작 전이지만, 기간이 길지 않아서 대상 여부를 미리 확인해 두는 편이 좋겠죠.

이번 신청 대상은 일정 요건을 갖춘 임대주택·사원용주택·주택신축용 토지와 함께 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택, 부부 공동명의 1주택 등 과세특례를 적용받으려는 납세자입니다. 합산배제 대상 물건은 11월 종합부동산세 정기고지 때 과세대상에서 빠지고, 1세대 1주택 특례는 기본공제와 세액공제 계산에서 유리할 수 있어요.

국세청은 2026년 9월 10일 안내자료에서 대상 납세자 약 4만 8천 명에게 신청 안내문을 발송했다고 밝혔습니다. 다만 안내문을 받았다고 해서 모든 주택이 자동으로 대상이 되는 것은 아니므로, 실제 요건은 물건별로 따져봐야 합니다.

기존에 신청한 사람은 다시 해야 할까요?

결론부터 말하면, 기존에 합산배제나 과세특례를 신청했고 내용에 변동이 없다면 다시 신청하지 않아도 됩니다. 국세청 안내상 기존 신청 내용은 계속 적용되기 때문인데요.

다만 아래처럼 달라진 부분이 있다면 변동 신고가 필요합니다.

임대주택의 소유권이 바뀐 경우
주거전용면적 등 주요 내용이 달라진 경우
임대주택 등록이 말소된 경우
기존 합산배제 물건을 추가하거나 제외하는 경우
과세특례 대상 주택의 취득·양도·상속·명의 등에 변동이 생긴 경우

변동 신고를 할 때는 전체 내용을 처음부터 다시 적는다는 느낌보다는, 바뀐 물건과 바뀐 내용 중심으로 정정한다고 이해하면 편합니다. 반대로 아무 변화가 없는데 매년 새로 신청할 필요는 없어요.

임대주택 합산배제에서 특히 조심할 부분

임대주택은 지자체 임대등록과 세무서 사업자등록, 임대기간, 공시가격, 전용면적, 임대료 인상 제한 등 여러 조건을 함께 봅니다. 유형별 기준이 서로 다르기 때문에 ‘임대주택이면 모두 합산배제’라고 생각하면 곤란해요.

대표적으로 임대료나 임대보증금은 직전 계약보다 5%를 초과해 올리면 안 되고, 1년 이내에 다시 인상하는 것도 제한됩니다. 합산배제를 적용받은 뒤 임대의무기간이나 임대료 증액 요건을 지키지 못하면, 그동안 줄어든 종부세와 이자상당가산액이 추징될 수 있습니다. 경우에 따라 해당 연도와 다음 연도까지 합산배제에서 제외될 수 있어 더 주의해야 하고요.

또 하나 놓치기 쉬운 부분은 임대등록 말소입니다. 등록이 말소됐거나 더 이상 요건을 충족하지 못하는데도 기존 신청을 그대로 두면 나중에 문제가 될 수 있으니, 9월 신청 기간에 변동 내용을 반영하는 것이 안전합니다.

일시적 2주택 과세특례 요건

일시적 2주택 특례는 기존 주택을 팔기 전에 신규 주택을 취득해 2주택이 된 경우, 일정 조건을 충족하면 1세대 1주택자로 보아 종부세를 계산하는 제도입니다.

2026년 국세청 안내 기준으로는 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 기존 주택을 양도해야 하는 사후요건이 중요합니다. 신청 당시에는 요건을 충족했더라도 이후 기존 주택을 3년 안에 처분하지 못하면 경감받은 세액이 추징될 수 있어요.

일시적 2주택 특례가 적용되면 과세표준 계산에서 기본공제 12억 원을 적용받을 수 있고, 연령·보유기간에 따른 세액공제도 최대 80%까지 적용될 수 있습니다. 특례를 신청하지 않으면 기본공제는 9억 원으로 계산될 수 있으므로 대상자라면 신청 여부를 꼼꼼히 확인해 볼 만합니다.

홈택스에서 신청하는 방법

온라인 신청은 국세청 홈택스에서 진행할 수 있습니다. 먼저 로그인한 뒤 화면 하단의 ‘세무 업무 가이드맵(Map)’ → ‘종합부동산세’로 들어가면 됩니다.

국세청 홈택스

홈택스에 로그인합니다.
화면 하단의 ‘세무 업무 가이드맵(Map)’을 선택합니다.
‘종합부동산세’ 담당 메뉴로 이동합니다.
합산배제 신고, 각종 과세특례 신청 또는 임대주택 합산배제 진단 메뉴를 선택합니다.
미리채움 자료와 보유 물건 정보를 확인합니다.
최초·추가 신고인지, 기존 물건의 변동 신고인지 구분해 내용을 입력합니다.
제출 전 주택별 등록 상태와 면적·소유권·임대료 관련 내용을 다시 확인합니다.

홈택스에서는 임대주택 합산배제 자가진단과 종부세 세액 모의계산도 이용할 수 있습니다. 다만 자가진단 결과가 최종적인 세무 판단을 대신하는 것은 아니므로, 여러 요건이 겹치거나 등록 말소·명의 변경이 있는 경우에는 국세상담센터 126 또는 관할 세무서에 확인하는 것이 좋습니다.

신청 전 빠르게 확인할 체크리스트

확인할 내용	체크 포인트
신청 기간	2026년 9월 16일~9월 30일
기존 신청자	변동이 없으면 재신청 불필요
변동 신고	소유권·면적·등록 말소·물건 추가·제외 등
임대료	직전 계약 대비 5% 초과 인상 여부
일시적 2주택	신규 주택 취득일부터 3년 이내 기존 주택 양도 여부
신청 경로	홈택스 로그인 후 세무 업무 가이드맵(Map) → 종합부동산세

결국 핵심은 ‘작년에 신청했는가’보다 ‘올해 달라진 내용이 있는가’입니다. 변동이 없다면 그대로 적용되지만, 등록 말소나 임대료 인상처럼 요건에 영향을 주는 변화가 있었다면 9월 30일까지 반드시 정리해 두는 게 좋겠습니다.

자주 묻는 질문

Q. 신청 안내문을 받지 못하면 합산배제 신청을 할 수 없나요?

A. 그렇지는 않습니다. 안내문은 국세청이 혜택 적용이 예상되는 납세자에게 보낸 자료일 뿐이며, 안내문을 받지 못했더라도 본인이 요건을 충족한다고 판단하면 신청 대상인지 확인해 볼 수 있습니다.

Q. 임대주택을 여러 채 보유한 경우 일부만 변동돼도 전체를 다시 신고해야 하나요?

A. 기존 합산배제 물건 중 일부만 소유권·면적·등록 상태 등이 바뀌었다면 변동된 물건 중심으로 신고하면 됩니다. 다만 추가하거나 제외하는 물건이 있는지도 함께 확인하는 편이 안전합니다.

Q. 임대료를 5% 올렸지만 계약 갱신이 아니라 신규 임차인과 새로 계약한 경우도 문제가 되나요?

A. 임대료 증액 제한은 계약 형태와 실제 인상 내용 등을 종합해 판단해야 하므로 단순히 신규 임차인이라는 이유만으로 괜찮다고 단정하기 어렵습니다. 직전 임대차계약과 보증금·차임 변동을 함께 확인해야 합니다.

Q. 일시적 2주택 특례를 신청한 뒤 기존 주택을 3년 안에 팔지 못하면 바로 세금이 부과되나요?

A. 사후요건을 충족하지 못하면 특례로 경감받은 세액과 관련 가산액이 추징될 수 있습니다. 양도 시점이 임박했다면 계약일이 아니라 실제 양도 요건을 충족하는지 세무 전문가나 관할 세무서에 확인하는 것이 좋습니다.

2026년 종부세 합산배제와 과세특례 신청은 9월 16일부터 9월 30일까지예요. 기존 신청 내용에 아무 변화가 없다면 다시 신청하지 않아도 되지만, 임대등록 말소나 임대료 인상, 주택 매도·취득처럼 요건에 영향을 주는 일이 있었다면 그냥 넘기면 안 됩니다. 홈택스에서 먼저 자가진단과 미리채움 내용을 확인하고, 애매한 부분은 9월 30일 전에 꼭 정리해 두세요.